„Przez kilka lat nasi założyciele pracowali razem w zgodzie, wyszukując młodych, którzy wykazywali cechy właściwe rodzajowi czarodziejskiemu i sprowadzając ich do zamku, by uczyć ich tutaj magii. Później jednak doszło między nimi do brzemiennych w skutki sporów. Wszystko zaczęło się od Slytherina, który zażądał, by nabór uczniów był bardziej selektywny. Uważał on, że nauczanie magii powinno być zastrzeżone wyłącznie dla rodów czarodziejskich czystej krwi. Sprzeciwiał się przyjmowaniu uczniów z mugolskich rodzin, uważając, że nie są godni zaufania. Po jakimś czasie doszło na tym tle do poważnego sporu między Slytherinem i Gryffindorem, w wyniku którego Slytherin opuścił zamek.”— Profesor Binns
Hogwart został założony około IX lub X wieku n.e. przez czterech najpotężniejszych czarodziejów tamtych czasów: Godryka Gryffindora, Helgę Hufflepuff, Rowenę Ravenclaw oraz Salazara Slytherina. To właśnie od ich nazwisk powstały cztery domy. Początkowo założyciele samodzielnie wybierali osoby, które są godne studiowania magii, a po pewnym czasie Salazar Slytherin zażądał, aby przyjmować do szkoły tylko osoby czystej krwi. W wyniku tego wyniknęła kłótnia Slytherina i Gryffindora. Według niektórych osób Slytherin zanim opuścił Hogwart stworzył ukrytą Komnatę Tajemnic, w której umieścił potwora i którą ponownie otworzyć może tylko jego dziedzic. Szkołę wielokrotnie przeszukiwano w celu znalezienia owej Komnaty, jednak jej nie odnaleziono. Pewnego razu Gryffindor pomyślał kto będzie przydzielał uczniów do ich domów po ich śmierci, wtedy zdjął swoją tiarę (później nazywaną Tiarą Przydziału) i tchnął w nią trochę życia, a także wszystkie cechy czterech założycieli. Po śmierci wszystkich założycieli Hogwartu szkoła nadal funkcjonowała.
„Kiedy ostatnio Komnata Tajemnic została otwarta zginęła szlama”—Draco Malfoya
1942-1943
Istnienie szkoły było zagrożone dwukrotnie, gdy otwarto Komnatę Tajemnic. Po raz pierwszy została otwarta w 1942 roku, kiedy Tom Marvolo Riddle, dziedzic Slytherina otworzył komnatę na swoim piątym roku. Zabito wtedy dziewczynę mugolskiego pochodzenia o imieniu Marta Warren, a Ministerstwo Magii zagroziło zamknięciem szkoły. Ponieważ Riddle spędzał czas poza Hogwartem w mugolskim sierocińcu, nie chciał, aby szkoła była zamknięta (odrzucono jego prośbę o możliwość pozostania w szkole w czasie świąt, ze względu na sytuację, którą stworzył), więc oskarżył Rubeusa Hagrida o spowodowanie tych makabrycznych wydarzeń, i choć Albus Dumbledore wciąż podejrzewał Riddle'a, nie miał na to żadnych dowodów. Kiedy jednak w 1992 r. komnata została ponownie otwarta, wyszło na jaw, że Hagrid był niewinny, a pięćdziesiąt lat wcześniej otworzył ją Tom.
1991-1992
W 1991 roku Harry Potter rozpoczął naukę w Hogwarcie. Już znany jako chłopiec, który pokonał Lorda Voldemorta, kiedy miał roczek. Z pomocą swoich przyjaciół – Rona Weasleya i Hermiony Granger – starali się rozwiązać tajemnicę Kamienia Filozoficznego, trzymanego w szkole. Harry odkrył, że profesor Quirrell, nauczyciel obrony przed czarną magią, który miał ledwo żywego Voldemorta z tyłu głowy, chciał ukraść kamień, aby przywrócić mu siły i dać mu wieczne życie.
Harry, Ron i Hermiona przeszli szereg trudnych zadań w podziemnych komnatach próbując zatrzymać Severusa Snape'a. Uważali wtedy, że próbował ukraść Kamień, gdy w rzeczywistości był to Quirrell. Harry zastał Quirrella w komnacie ze zwierciadłem Ain Eingarp i udało mu się go pokonać, uniemożliwiając Voldemortowi zdobycie Kamienia i powrót do życia. Harry poradził sobie z tym dzięki odkryciu, że skóra Quirrella spalała się za każdym razem, kiedy Harry ją dotknął. Zgodnie z teorią Dumbledore'a, serce i dusza Quirrella zostały tak pochłonięte przez Voldemorta, jego chciwość i nienawiść, że nie mógł znieść dotyku kogoś tak czystego, jak Harry.
1992-1993
W 1992 r. Komnata Tajemnic została ponownie otwarta przez młodszą siostrę Rona, Ginny, która była w posiadaniu dziennika, napisanego przez Toma Riddle'a. Poprzez dziennik Voldemort opętał Ginny, co pozwaliło otworzyć komnatę po raz drugi.
Po otwarciu przez Gryfonkę Komnaty Tajemnic, uwolniony Bazyliszek poruszał się po Hogwarcie rurami. Kiedy ktoś spojrzał prosto w jego oczy ulegał petryfikacji. Jego ofiarami były m.in. Hermiona Granger, Pani Norris czy Penelopa Clearwater. Do czasu znalezienia informacjii o Bazyliszku przez Hermionę przyczyny ataków na uczniów były nieznane.
Lucjusz Malfoy, chcąc wzmocnić moc Czarnego Pana, wrzucił dziennik do kociołka Ginny, nie wiedząc, że to horkruks. Jego ukrytym motywem było zrujnowanie reputacji kilku wielkich czarodziejów, w tym Dumbledore'a i ojca dzieci Weasleyów, Artura, z których ten ostatni miał duży wpływ na ustawę o ochronie mugoli. Jednak Harry odkrył prawdę, niszcząc dziennik i zabijając bazyliszka, co zakończyło ataki na uczniów.
1993-1994
W 1993 r. ojciec chrzestny Harry'ego, Syriusz Black, uciekł z Azkabanu. Został on skazany za zamordowanie dwunastu mugoli i Petera Pettigrew. A także za zdradzenie Voldemortowi miejsca pobytu Harry'ego, Jamesa i Lily Potter'ów, gdy był ich Strażnikiem Tajemnicy. Z powodu tych oskarżeń, został bez procesu osadzony w Azkabanie i spędził tam dwanaście lat w izolatce. Ministerstwo uważało również, że Black chciał dopaść Harry'ego, ponieważ słyszeli, jak przez sen Syriusz mówi: "jest w Hogwarcie". Black przypuszczalnie sądził, że zabicie Harry'ego spowoduje powrót Voldemorta do pełnej mocy.
Black dwukrotnie włamał się do szkoły, jeden raz niemal rozpruwając Grubą Damę na strzępy, a innym razem, zbliżając się do "szczura" Rona, Parszywka. Podczas drugiego włamania Ron się obudził i zaczął krzyczeć ze strachu, gdy nad nim pojawił się nóż. Jego krzyki obudziły całą wieżę i zaalarmowały McGonagall o tym incydencie. Po tym wydarzeniu środki bezpieczeństwa zostały jeszcze bardziej zaostrzone. Harry, Ron i Hermiona spotkali się z Syriuszem w Wrzeszczącej Chacie, razem z Remusem Lupinem, który był przyjacielem Blacka, a także rodziców Harry'ego oraz samego Petera, w czasie gdy uczęszczał do Hogwartu.
Syriusz wyjawił im prawdę. Był niewinny, a to Pettigrew dokonał zbrodni, za które skazano Syriusza. Aby zrzucić winę na dawnego przyjaciela, odciął jeden ze swoich palców jako dowód. Peter był animagiem, co pozwalało mu zmianę w szczura, więc łatwo uciekł. Gdy Lupin usłyszał jego historię, uwierzył mu i był gotów pomóc przyjacielowi.
Harry przekonał ich, by oddali Pettigrew w ręce Ministerstwa, po czym zajęliby się nim Dementorzy. Zabrali więc Pettigrew z powrotem do zamku. Kiedy Remus zamieniał się w wilkołaka, Glizdogon (pseudonim Pettigrew) uciekł i wrócił do Voldemorta, by pomóc mu przywrócić go do władzy. Harry i Hermiona, z pomocą Zmieniacza Czasu pomogli Syriuszowi uciec na Hardodziobie (skazanemu na wyrok śmierci Hipogryfie), podczas gdy Ron był w Skrzydle Szpitalnym, jego przyjaciele uratowali życie zarówno Syriusza, jak i Hardodzioba.
1994-1995
W 1994 r. Turniej Trójmagiczny wznowił działalność z zastosowaniem bardziej skutecznych środków bezpieczeństwa. Mimo to pojawiło się kilka mrocznych wątków. Barty Crouch Jr, podszywający się pod profesora Alastora "Szalonookiego" Moody'ego, zgłosił Harry'ego do Turnieju, umieszczając jego imię w Czarze Ognia pod nazwą czwartej szkoły, co sprawiło, że jego wybór był pewny. Wybór Harry'ego przez Czarę spowodowało wielką kłótnie w Hogwarcie, ponieważ przedstawiciele Beauxbatons i Durmstrangu, jak również wielu uczniów Hogwartu, uwierzyło, że jest on oszustem.To z powodu Croucha Jr i jego współpracy z Voldemortem, Harry znalazł się podczas ostatniego zadania turnieju z Cedrikiem Diggorym (który na rozkaz Voldemorta został zabity przez Pettigrew) na cmentarzu otoczonym Śmierciożercami. Voldemort został przywrócony do swojej fizycznej postaci za pomocą krwi Harry'ego i ciemnej mikstury. Voldemort próbował torturować i upokorzyć Harry'ego za pomocą zaklęć niewybaczalnych. Dwa razy użył zaklęcia Crucio i klątwy Imperius, jednak Harry był w stanie oprzeć się drugiemu zaklęciu. Chłopak uciekł i udało mu się zaalarmować wszystkich czarodziei walczących z Voldemortem, w szczególności Dumbledore'a o tym, że Ten Którego Imienia Nie Wolno Wymawiać powrócił. Dumbledore ponownie uruchomił Zakon Feniksa godzinę po tym, jak został ostrzeżony. Jednak wielu, w tym minister Magii, Korneliusz Knot, nie uwierzyło chłopcu.
1995-1996
Istnienie Hogwartu było zagrożone, gdy Ministerstwo Magii zaczęło wdrażać "Dekrety edukacyjne" w 1995 r. w ramach spisku mającego na celu zdyskredytowanie i zrujnowanie Dumbledore'a i Harry'ego. Dolores Umbridge, nowy nauczyciel obrony przed czarną magią, Wielki Inkwizytor Hogwartu i podsekretarz ministra Knota, stanowiła centrum tego planu.Dzięki tym Dekretom, powoli przejęła kontrolę nad Hogwartem i ostatecznie zastąpiła Dumbledore'a jako dyrektora. Zmieniony został także nauczyciel opieki nad magicznymi stworzeniami. Rubeus Hagrid został chwilowo wydalony z Hogwartu, a jego obowiązki przejęła profesor Wilhelmina Grubby-Plank. Pod koniec roku szkolnego Albus Dumbledore jednak przywrócił Hagrida na jego poprzednie stanowisko.Wydalona z Hogwartu przez Dolores Umbridge została także Sybilla Trelawney - nauczycielka wróżbiarstwa. Jednak po ponownym zajęciu stanowiska dyrektora przez Albusa Dumbledore'a, na jego prośbę wróciła do pracy na stanowisku nauczycielki wróżbiarstwa.Po incydencie w Ministerstwie, nie miało ono innego wyboru, jak zaakceptować powrót Voldemorta i usuniąć Umbridge z Hogwartu po przywróceniu poprzedniego dyrektora.
1996-1997
W roku szkolnym 1996-1997 nowy Minister Magii, Rufus Scrimgeour, nakazał Aurorom strzeżenie Hogwartu w celu ochrony przed siłami Sługami Lorda Voldemorta. W 1997 roku Hogwart został zaatakowany przez Śmierciożerców.W rezultacie bezpieczeństwo dyrektora Dumbledore'a zostało zagrożone i ostatecznie został on zabity przez Severusa Snape'a. Po tej strasznej tragedii profesor Minerwa McGonagall została mianowana dyrektorką, choć bezpieczeństwo szkoły wisiało na włosku. Nie było pewności, że Hogwart pozostanie otwarty. Ministerstwo zgodziło się jednak podążać za ustalonymi procedurami i pozwolić dyrektorce decydować o losie szkoły.
1997-1998
Bez względu na decyzję dyrektora szkóły, po przejęciu Ministerstwa przez Voldemorta, obecność w Hogwarcie była obowiązkowa dla wszystkich kwalifikujących się dzieci. Wprowadzono nowe, militarne wymagania, takie jak dowód statusu krwi. Voldemort mógł więc obserwować cały czarodziejski świat od najmłodszych lat i chciał wykorzenić mugolaków, w tym jedenastoletnie dzieci, bez żadnej czarodziejskiej wiedzy. Chciał również pozbawić je możliwości uczęszczania do szkoły.Obrona przed czarną magią stała się Czarną Magią, uczono studentów nielegalnych zaklęć. Snape został mianowany dyrektorem, a Alecto i Amycus Carrow stali się kolejno nauczycielami Mugoloznawstwa i Czarnej Magii. Był to czas wielkiego przerażenia, w którym nikt nie był pewien, kto jest przyjacielem, a kto wrogiem.
1998
2 maja 1998 r. miała miejsce bitwa o Hogwart. Bitwa ta zakończyła się śmiercią wielu czarodziejów po obu stronach. Dzięki Harry'emu Potterowi, Lord Voldemort, został ostatecznie zniszczony raz na zawsze, a pokój został przywrócony. Minerwa McGonagall została ponownie mianowana dyrektorką szkoły, a Harry został uznany za prawdziwego bohatera.Podczas bitwy o Hogwart, zamek został w dużej części poważnie pouszkadzany. Mury głównego budynku i sąsiednich obszarów zostały spalone lub wysadzone w powietrze, a boisko do quidditcha zostało w dużej mierze zniszczone przez ogień.
Po 1998
Po bitwie Hogwart został odbudowany. Niektórzy uczniowie, tacy jak Hermiona Granger, wrócili do szkoły w 1998 roku, aby ukończyć edukację. Do 2017 r. normalne życie szkolne zostało wznowione, profesor McGonagall jest nadal dyrektorką, a Hagrid jest gajowym i strażnikiem kluczy. Wielu potomków poprzednich uczniów przybywało do Hogwartu jako nowi uczniowie, a Neville Longbotom został profesorem zielarstwa po przejściu na emeryturę Pomony Sprout.